株式会社ゲノムスケープは、生物情報の有効活用を専門とする、受託解析・コンサルティング会社です。

解析の例

弊社による解析例と、代表的な価格を示しました。参考価格は典型的な例でアカデミアの場合を示します。下記の遺伝子の表示はIMCを用いた場合の例であり、GenBank形式の読み込みが可能なソフトウェアであれば、そのソフトウェアの機能に準じた表示ができます。

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「GenBankに登録された全ゲノム塩基配列から特定の特徴の全遺伝子を抽出する」

解析例：全ての真菌（fungi）のゲノム中の特定のPfamを持つ全遺伝子を抽出
NCBI GenBankに登録された全てのfungal genomeをdownloadし、これらに含まれる全てのタンパク質アミノ酸配列を抜き出して整理する。この全アミノ酸配列に対して、blastp、Pfamなどを用いて相同性検索を行い、特定のアミノ酸配列あるいはモチーフを有するタンパク質あるいは遺伝子を全て抽出して整理する（配列ファイル、Excelの表など）。
参考価格：10万円～30万円（税込）
（検索するゲノム数5以内の探索の場合は10万円、GenBank nr-aaの配列全体の探索の場合は30万円です）
・特定の属の全ての種など、数十～数千のゲノムを対象とした検索も可能です。
・ゲノム塩基配列はアノテーションされていることが必要です（有償でのアノテーションもお引き受けします）。

「Webに掲載されたデータの収集・整理」

解析例：特定の種類の情報がまとめられているWebサイトからデータを収集して整理する
NCBI GEO、その他の様々なデータベース、Webサイトなどに登録されたデータを収集して整理し、決められた形式で保存する。（転写発現情報、代謝パス情報、化合物情報など）。
参考価格：10万円～30万円（税込）（収集の規模、難易度によってはこれを上回ることもあります）
・公開されたデータベースやWebサイトから、必要な生物種、化合物などの情報を収集・整理する。
・SQL-DBやExcelなどの使い易い形式でファイル化して保存する。

「類似遺伝子クラスタの解析」

解析例：Gliotoxin類似クラスタをAspergillus flavusゲノムから探す（解析方法の説明）
既知あるいは実験等によって発見された遺伝子クラスタをクエリとして、類似した遺伝子から構成される（ゲノム上で類似した遺伝子が一定距離内に近接して存在する）領域を検索します。クラスタを構成する遺伝子数は2～50程度です。
参考価格：10万円～30万円（税込）
（検索するゲノム数5以内の探索の場合は10万円、GenBank nr-aaの配列全体の探索の場合は30万円です）
・特定の属の全ての種など、数十～数千のゲノムを対象とした検索も可能です。
・ゲノム塩基配列はアノテーションされていることが必要です（有償でのアノテーションもお引き受けします）。

「近縁種間での染色体上の遺伝子構成の違いの解析」

解析例：Aspergillus oryzaeゲノム上でAspergillus flavusに存在しない領域のマップ（解析方法の説明）
配列の相同性が高いことが知られている上記2種のゲノムに関して、A. oryzaeに特異的な領域の解析例です。この図は、8本の染色体を一本に接続して表示したもので、染色体末端が上部の短いグレー縦線、A. oryzae特異的な領域が緑のバーで表示されます。

上の図のカーソル（下向きの水色矢印）の位置の拡大図で、緑色のバーがA. royzae特的領域、下側のオレンジ色の矢印がCDSを表します。また、この図のカーソルの位置の配列と開始・終止コドンなどが上部に表示されます
参考価格：20万円（税込）
・ゲノム塩基配列のアノテーションも表示されます（アノテーションは必須ではありません）。
・弊社でgene modeloingを含む自動アノテーションを行うこともできます（追加料金が必要です）。

「迅速で誤りの少ないDNA断片設計環境の提供」

弊社による解析結果は、IMCで直接読み込める形式でお送りします。また、IMCの柔軟で多彩な表示機能を使い、研究・実験目的に応じた使い易い表示を行うための 設定ファイルを同梱します。これにより、お送りした解析結果の表示、および、結果に基づいた検証実験用のDNA断片の設計など、解析結果の効果的な利用を実現します。

上図は、Fusion PCRやIn-Fusion CloningのためのDNA断片とプライマーの設計を効率的に行うために最適化されたIMCの表示画面です。これ以外にも、ゲノム上の特徴的な領域の表示、モチーフ・機能分類の分かりやすい表示、これらを利用した遺伝子設計・解析など、研究・実験目的に応じた最適な表示のための設定ファイル、および、操作マニュアルを添付して、解析結果をお送りします。

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製品

「IMC（インシリコバイオロジー株式会社）」

Macintosh、Windowsで動作する遺伝子解析を中心としたオールインワン型パッケージソフトです。日常の研究に必要なほぼ全ての機能を備えています。配列とアノテーションを見比べながら操作することで、直感的で正確な解析・設計が行えます。GenBankを基本的な保存形式として、様々な形式のファイルのインポート・エクスポートができることも特徴です。
ゲノムスケープは、IMCを標準のインターフェースとして使用しています。