株式会社ゲノムスケープは、生物情報の有効活用を専門とする、受託解析・コンサルティング会社です。

解析例の説明

「類似遺伝子クラスタの解析」

解析例：Gliotoxin類似クラスタをAspergillus flavusゲノムから探す

解析の説明：
二次代謝系を初めとして、一連の代謝に関わる複数の遺伝子がクラスタを為すことがよくあります。バクテリアのオペロンもプロモーターを共通とする遺伝子のクラスタです。新たに解析したゲノム上の遺伝子を探索する場合など、この性質を利用して、個々の遺伝子毎の相同性を用いる場合に比較して、一連の機能に関わる遺伝子群をより正確に推定することができます。

「遺伝子クラスタの解析」は以下のステップからなります。
1. 遺伝子クラスタの各遺伝子をクエリとして、相同性を持つ遺伝子を検索（GenBank nr-aa、又はアノテーション情報が付された単一又は多数のgenome assemblyを対象とする）
2. ヒットした 遺伝子群のゲノム上の距離を計算してクラスタを為しているかどうかを判定
3. 遺伝子クラスタと判定された候補との対応関係、相同性、機能推定情報（相同遺伝子、モチーフ、機能カテゴリなど）を遺伝子マップ上に表示（上図はGene IDを表示しています）

上記の結果は、IMCに直接読み込むことができる形式で提供します。これにより、IMCが持つ豊富な機能を利用して、検索された遺伝子の様々な情報の表示だけでなく、評価実験に必要なプラスミドの構築やDNA断片作製のためのプライマーの設計を行うことができます。IMC上では、配列やCDSなどのフィーチャーを同一画面上で参照しながら行えるため、これらの作業を迅速・正確に行うことができます。これらに必要になると想定されるIMCの主な操作については、その方法の要約をマニュアル化してご提供します。

参考価格：10万円〜30万円（税込）
（検索するゲノム数5以内の探索の場合は10万円、GenBank nr-aaの配列全体の探索の場合は30万円です）
・特定の属の全種など、数十〜数千のゲノムを対象とした検索も可能です。
・検索対象とするゲノムとして、配列以外に、gene、CDSなどのアノテーションが必要です。
　（弊社でgene modeloingを含むアノテーションを行うこともできます）
・追加的なデータ処理や解析が発生する場合には、追加料金が発生します。
・上記にはIMCの1ヶ月間 6ヶ月間の使用ライセンス料が含まれます。それ以降については、1ヶ月〜1年の単位の有償ライセンスを更新していただく必要があります。IMCのライセンス料については、以下の製品一覧からご参照ください。

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